Foto: Sara BorsiinJulia Lundgren och Louise Granlund ska båda två till Boston i September för att visa upp vad de, och 22 andra Uppsalastudenter, lyckats göra med modifierade E.coli-bakterier.

Ska få bakterierna att jobba för oss

Just nu lägger Uppsalalaget sista handen vid sitt bidrag till tävlingen iGEM – det som brukar kallas VM i syntetisk biologi. Sedan bär det av till Boston, där juryn förhoppningsvis ska imponeras av deras programmerade E. coli-bakterier som bryter ner giftiga ämnen som annars skulle ha släppts ut i naturen.

Foto: Sara BorsiinEn hel del plattor har det odlats på under veckorna i labbet på BMC.

VM i syntetisk biologi
International Genetically Engineered Machine (iGEM) är en tävling i syntetisk biologi för studenter som startade 2004 vid Massachusetts Institute of Technology (MIT) i Boston och universitet från hela världen deltar. Tävlingen avgörs i slutet av september. Uppsalalagets bidrag till tävlingen i år handlar om att bryta ner cancerogena miljögifter, så kallade PAH:er, med hjälp av E. coli-bakterier. Bakterierna skulle till exempel kunna användas i stora fabriker, för att göra avfallet mindre giftigt.

Knappt hade vårens kurser tagit slut förrän de 24 studenterna i iGEM-laget fick tillgång till labbet – där de sedan hängt hela sommaren bland odlingsplattor och pipetter, fluorescerande protein och giftiga E. coli-bakterier.
– Jag var lite nervös för att bli skoltrött eftersom man pluggat hela året, erkänner Louise Granlund, som läser kandidatprogrammet i molekylärbiologi.
Tröttheten uteblev dock – mycket tack vare att iGEM-förberedelserna inte alls liknat deras vanliga kurser.
– Det har varit helt annorlunda, vi har fått planera vad vi ska göra själva på ett annat sätt, säger Civilingenjörsstudenten Julia Lundgren.

Syntetisk biologi är som en kombination av naturvetenskap och teknik – en ingenjörskonst applicerad på biologi, i detta fall bakterier som man går in och ändrar i för att de ska bete sig på ett visst sätt.
– Man inser hur mycket man kan göra, det är ett jättehäftigt område, säger Julia Lundgren.

Ert projekt går ut på att E. coli-bakterier bryter ner miljögift. Det låter lite för lätt? 

– Visst, det är lätt i teorin, men det är ganska svårt att få det att funka. Det gäller att göra så att man kan använda bakterierna, annars bara dör de när man slänger på PAH:erna [se faktaruta, reds. anm.], säger Louise Granlund.
– Det är mycket som kan gå fel, intygar Julia Lundgren.

Tävlingen samlar studenter från världens alla hörn, och flera av dem har Uppsalalaget redan hört av. För även om iGEM är just en tävling så samarbetas det en hel del. DNA-bitarna som behövs i Uppsala skickas från Boston – dit man sedan ska skicka tillbaka sitt eget material för att andra ska kunna ta del av det framöver.
– Folk är jättehjälpsamma! Till ett lag i Australien skickade vi DNA som kodar för fem olika färger av chromoproteiner som ett tidigare lag i Uppsala arbetade med, och en japansk forskare skickade oss DNA-sekvensen för ett välfungerande modifierat enzym så att vi kunde syntetisera detta som en del av vårt projekt. Vi har även haft kontakt med ett lag i Indien som precis startat upp och vi har försökt hjälpa dem komma igång, säger Louise Granlund.

När Ergo tittar in är själva laboratorieverksamheten inne på sin sista vecka, men det betyder inte att studenterna är färdiga. Det arbete som nu tar vid, och som delvis kommer utföras på kvällar och helger, är att ordna med själva presentationen av projektet. En liten övning för detta har det blivit: under en helg ordnade Uppsala tillsammans med Stockholm en träff för olika nordiska lag, som presenterade sina projekt för varandra och en jury, röstade och utsåg en vinnare (Stockholm, ”men det betyder ju inte att de vinner i Boston”).

I slutet av september är det dags för det stora testet, där ska projektet visas upp vid Massachusetts Institute of Technology i Boston.
– Det ska bli superkul! säger Julia Lundgren.